これほど信奉された箕子朝鮮であったが、民族意識の高揚した近代以降においてはまったく逆に、中国人起源の箕子朝鮮は顧みられぬこととなった。韓国・北朝鮮ともに太白山(現・白頭山。中国と北朝鮮との国境)に降臨した天神の子の檀君が朝鮮族の始祖であり、ここから始まる檀君朝鮮こそが朝鮮の始まりと主張。現在の歴史教科書にも記述されている。韓国・北朝鮮の両国において白頭山が特に尊ばれ、その聖地に対して中国が自国の領土として単独での世界遺産登録を目論むことに強く危機感を募らせるのは、このような理由による。
近年、中国社会科学院の中国辺疆史地研究センターを中心に「古朝鮮・高句麗・扶余・渤海は中国の地方政権であり、その歴史は中国史の一部」という“東北工程”の史観が唱えられ、近隣諸国から注目を集めている。もともと住民の大半が非漢民族である中国東北部において、ナショナリズムを高揚させるための国内政治目的と見られるが、「高句麗の住民は中国の少数民族であって韓国とは無関係である」とか、また箕子朝鮮については「箕子の存在を殷代の甲骨文字と前秦の記録から確認することができ、（中国人である箕子が）朝鮮半島に最初の地方政権を建てた」と漢人創始を強調するなど、その主張の内容は決して穏やかではない。
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これに対して韓国文化財庁は、「韓民族の歴史が（満州などの）東北地域につながっているという事実とそれを主張する『縁故権』を払拭するために開始されたもの」と大きく反発。さらには、近々崩壊が囁かれる北朝鮮を中国へ吸収するための準備工作と見て警戒する動きもあり、この箕子朝鮮論は単に古代史解明のための論議に留まらない、きな臭い現代国際政治の側面を見せ始めている。